دف از این تحقیق، بررسی اثرات زیست محیطی پرورش ماهی در قفس روی برخی عوامل زیستی و غیر زیستی بوده است. منطقه مورد مطالعه واقع در استان مازندران در دو مرکز پرورش ماهی در قفس  در شهرستان های کلار آباد و عباس آباد در جنوب دریای خزر بوده است. هر مرکز دارای چهار قفس پلی اتیلن مدور شناور با حجم 2500 متر مکعب (20 متر قطر و ارتفاع 8 متر) بود. میزان ذخیره سازی ماهی قزل آلای رنگین کمان برای هر قفس 5 تن یا 20000 قطعه و با دامنه وزنی 260-240 گرم بود. میزان برداشت نهایی از هر قفس 15 تن و با دامنه وزنی 900-700 گرم بود. پرورش ماهی در قفس به مدت 5 ماه (اواخر آذر 1393 تا اواسط اردیبهشت 1394) انجام شد. نمونه برداری در ماه های دی و اسفند1393 و اردیبهشت و خرداد 1394 از پیرامون قفس ها (سایه قفس، 50 متر، 100 متر و 1000 متر) در سه جهت جغرافیایی (شرق، غرب و جنوب) انجام شد. نمونه-برداری از موجودات زیستی (بزرگ بی مهرگان کفزی، پلانکتون و باکتری) و پارامترهای غیر زیستی (آب و رسوب) به عمل آمد.  در این بررسی شاخص کیفی آب، شاخص سطح تروفیکی، شاخص های زیستی گروه های پلانکتونی و بزرگ بی مهرگان کفزی تعیین و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج نشان داد تغییرات مشخص و منظم و متأثر از پرورش ماهی بر محیط پیرامون قفس در هر دو سایت کلارآباد و عباس آباد وجود نداشت. به نظر می رسد که می¬توان این وضعیت را به شرایط هیدرولوژی منطقه، ‎حجم پائین پرورش ماهی، کوتاه بودن طول دوره‎ی پرورش ماهی، عمق مناسب آب جهت استقرار قفس ها و چرخش و جریان آبی بخصوص در جهت های مختلف نسبت داد. از آنجا که سایت ها برای اولین دوره پرورش ماهی استفاده گردید،  تجمع مواد مغذی در پیرامون قفس ها سبب تغییر در ساختار اکوسیستم این مناطق نگردید. البته، تغییراتی در موجودات زیستی و پارامترهای غیر زیستی در دوره های مختلف نمونه برداری وجود داشت که نتیجه تغییرات فصلی و شرایط محیطی منطقه بود.  لذا پیشنهاد می گردد، که ارزیابی اثرات زیست محیطی پرورش ماهی در قفس برای مزارع بزرگ مقیاس و یا مزارعی با تجربه چندین دوره پرورش صورت گیرد.